GPUサーバー導入に補助金は使える？主要な補助金と税制優遇を一括解説【2026年版】

生成AIや機械学習の発展により、GPUサーバーの需要が急速に高まっています。ChatGPTのような大規模言語モデルや画像生成AI、あるいはローカルLLMを自社環境で運用する企業が増え、GPUサーバーの導入は企業の競争力強化に直結する重要な投資となっています。特にスタートアップ企業や企業の研究開発部門、大学の研究室などでは、データの機密性確保や長期的なコスト最適化の観点から、自社でGPUインフラを保有するメリットが注目されています。
このGPUサーバー導入には、構成によっては1台あたり数千万円規模の投資が必要になることもあります。特に複数GPUを搭載したハイエンド構成やGPUクラスタでは、総額が数千万円〜億単位の投資となるケースも珍しくありません。こうした設備投資を支援するため、国や自治体は複数の補助金・税制優遇制度等を用意しています。
本記事では、オンプレミスのGPUサーバー導入を主な対象として、活用しやすい主要な補助金・税制優遇制度について、対象経費・補助率・申請要件を詳しく解説します。

GPUサーバー導入における補助金や税制優遇等の制度活用について

GPUを活用したAI基盤の構築には、主にオンプレミスでGPUサーバーを運用する方法とクラウドGPUを利用する方法の2つがあります。
クラウドの場合はAzure・AWS・GCPなどのサービスを利用し、必要に応じて計算資源を確保できます。高性能GPUを常時利用するケースでは、年間で数百万円〜1,000 万円規模に達することもあります。一方、オンプレミスの場合はGPUサーバーを自社で購入し、電源・空調・ラックといった環境面の整備も必要となり、初期投資が数千万円規模に及ぶことがあります。いずれの方法でも、本格運用となるとコストは小さくありません。
このようにGPU投資は金額が大きくなりやすいため、国の補助金や税制優遇をどう活用するかは、導入計画を立てるうえで欠かせない視点となります。
まず次の2つの軸を整理しておくと分かりやすくなります。
　・GPUをどのような形態で導入するか（オンプレミスまたはクラウド）
　・投資目的は何か（新規事業か、既存事業の効率化か）

軸1：オンプレミスとクラウドの選択

制度ごとに、対象となる経費の範囲は大きく異なります。
クラウドGPUの利用料（サブスクリプション・従量課金）が対象となるもの、GPUサーバー本体や周辺機器の購入費を対象とするもの、さらに電源・空調などの付帯工事まで含められるものなど、多様なパターンがあります。
そのため、まず自社が「どのような形でGPUを導入したいのか」を明確にすることで、検討すべき支援制度が変わってきます。

軸2：新規事業 vs 既存事業の効率化

補助金・助成金・税制優遇等、GPU投資に活用できる公的制度は、大きく次の2タイプに分類できます。
　・新規事業・事業転換を支援するタイプ
　・既存事業の生産性向上・省力化を支援するタイプ
※GPU投資は研究開発（R&D）と事業活用の両面で利用されます。R&D目的の場合は、NEDOやSBIRなどの研究開発型支援策が対象となる場合もあります。
同じGPUへの投資であっても、「新しいAIサービス事業を立ち上げたいのか」「AIを導入し、業務の効率化や省人化をしたいのか」といった目的の違いによって、利用できる制度は変わります。このような2つの軸をあらかじめ整理しておくことで、どの制度を優先的に見るべきかの判断がスムーズになります。

なお、本記事で詳しく取り上げるのは、主にオンプレミスのGPUサーバー導入に関する補助金・税制優遇制度です。クラウドGPUについては、導入形態の比較や費用感の違いを説明する範囲にとどめています。

補助金・助成金・税制優遇の違い

GPU導入を支援する主要な制度を理解するために、まず基本的な用語を整理しましょう。

補助金とは・補助金申請の流れ

補助金は、国や地方自治体が特定の政策目的を達成するために、事業者に対して資金を交付する制度です。原則として返済不要で、事業に必要な経費の一部を負担してもらえます。ただし、公募期間が限定されており、申請書類の審査を経て採択される必要があります。
採択率は制度や公募回によって異なりますが、申請しても必ず受給できるものではありません。

補助金申請から導入までの一般的な流れは以下の通りです。
　1.事業計画の策定（1～2ヶ月前）：補助金申請に向けて、事業計画書を作成
　2.申請書類の提出・受理：公募期間内に必要書類を提出し、受理
　3.採択・交付決定（申請から2～4ヶ月後）：審査を経て採択・交付決定通知
　4.発注・契約：交付決定後に初めて契約可能（交付決定前の契約は認められないことが多い）
　5.設備導入・事業実施（おおむね1年前後）：GPUサーバー導入と事業実施
　6.実績報告・補助金請求：事業完了後、実績報告書を提出し補助金を請求
　7.事業化状況報告（3～5年間）：補助事業終了後も継続的に報告義務
このように、補助金制度は計画的なスケジュール管理と要件遵守が求められます。

【本記事で紹介する主な補助金制度】
　1.ものづくり補助金
　2.中小企業新事業進出促進補助金
　3.中小企業省力化投資補助金
　4.IT導入補助金

※補助金制度の名称や区分は、今後の予算編成や制度改正により変更される可能性があります。本記事では2025年12月時点で公表されている情報をもとに、「ものづくり補助金」「IT導入補助金」など現行制度名で解説します。

助成金とは

助成金とは、国・自治体・民間団体が実施する返済不要の資金交付制度の総称です。研究開発・産業振興・供給網強化（例：NEDO助成金）など、幅広い分野に助成金が存在します。ただし、助成金は地域・分野・テーマが細かく限定され、期間限定で個別公募されるケースが多いため、一般企業が横断的に活用できる制度は限られています。
そのため、本記事ではより汎用的に利用できる補助金制度や税制優遇を中心に解説します。

税制優遇とは

税制優遇は、設備投資を行った企業に対して税負担を軽減する制度です。補助金のように資金が交付されるわけではありませんが、即時償却（初年度に全額を損金算入）や税額控除（法人税額から直接控除）によって、実質的な投資負担を軽減できます。補助金と異なり、要件を満たせば比較的採用されやすい点が特徴です。

【本記事で紹介する税制優遇制度】
　1.中小企業経営強化税制

GPU導入に使える補助金・税制は？その詳細を紹介

ここからは、各制度について具体的に解説します。まず、オンプレミスGPU導入時に使用される主な経費項目ごとに、該当する可能性のある制度を紹介します。
本記事では、補助金や税制に関して一般的に見られる傾向を踏まえて、対象となり得る費用の例を紹介しています。ただし、実際の取扱いは制度ごとに異なり、本記事の記載が各制度の適用や採択を保証するものではありません。申請にあたっては、必ず最新の公募要領を確認し、必要に応じて認定支援機関や税理士、会計士などの専門家へご相談ください。

制度別・対象経費の一覧

◎：対象 △：条件付き対象 ×：対象外

※本記事は2025年12月時点の情報に基づいています。制度に関わる情報等は予告なく変更される場合がありますので、あらかじめご了承ください。

• 中小企業新事業進出促進補助金：建物費や電源・空調工事などの付帯工事費は、補助事業で専ら使用する部分など、公募要領で定められた要件を満たす場合に限り補助対象となり得ます。
• 保守・運用費：いずれの制度でも継続的な保守契約・運用費用は原則対象外ですが、新事業進出では補助事業期間内の技術支援・外注費として計上できるケースがあるため「△」としています。
• 中小企業経営強化税制：「電源・空調工事」の「△」は、建物・建物附属設備を対象とする類型（E類型等）の要件を満たす、比較的規模の大きい投資に限られる想定です。
• 中小企業省力化投資補助金：「電源・空調工事」の「△」は、設備据付に必要なごく限定的な電気配線工事のみを想定しており、空調本体や電源容量増強などのインフラ整備は原則対象外です。
• IT導入補助金：「ソフトウェア◎」「保守・運用費△」は、登録申請されたITツールの購入費・クラウド利用料・導入関連費（設定、マニュアル整備、操作説明など）といった範囲に限られ、汎用的なオンプレミス機器の保守費用や運用人件費は対象外です。

今後のポイント：令和7年度補正予算案と「デジタル化・AI導入補助金

2025年11月28日に公表された「経済産業省関係令和7年度補正予算案の概要(PR資料)」では、「中小企業生産性革命推進事業」の一部として「中小企業デジタル化・AI導入支援事業（デジタル化・AI導入補助金）」という名称が用いられており、この資料上では「IT導入補助金」や「ものづくり補助金」といった制度名は記載されていません。
このことから、今後の予算編成や制度設計の中で、IT導入補助金やものづくり補助金の枠組みや名称が見直される可能性があります。
 
以下では、現行の制度名（IT導入補助金・ものづくり補助金等）に基づいて解説しますが、実際に申請する際には、最新の公募要領や公式サイトで制度名や要件をご確認ください。また、制度の要件は変更される可能性があるため、申請時には必ず最新の情報をご確認ください。適用可否の判断が必要な場合は、専門家への相談をおすすめします。

ものづくり補助金

ものづくり補助金は、中小企業・小規模事業者が行う革新的な製品・サービス開発や生産プロセス改善のための設備投資を支援する制度です。オンプレミス型のGPUサーバー導入に最も適した補助金のひとつといえます。

対象経費の範囲

ものづくり補助金では、機械装置費・システム構築費・ソフトウェア費など、幅広い経費が対象となります。GPUサーバー本体に加え、高速ストレージ、ネットワーク機器、AIフレームワークのライセンス費用などを一体で申請できます。電源工事や空調設備といった建物関連費用や保守費は、原則として補助対象外です。

補助金額と補助率

従業員数に応じて補助上限額が設定されており、基本的に中小企業は1/2、小規模事業者は2/3の補助率です。
いずれも、付加価値額や給与支給総額、事業場内最低賃金の引き上げなど、賃上げ要件を満たす必要があります。

公式サイト: ものづくり補助金総合サイト

中小企業新事業進出促進補助金

中小企業新事業進出促進補助金は、「新しい事業への挑戦を支援する枠組み」として2025年度に新設された補助金で、新市場・高付加価値事業への進出を支援します。
対象経費には機械装置・システム構築費に加え、建物費・電源工事・広告宣伝費など幅広いコストが含まれ、GPUクラスタ構築とデータセンター環境整備を一体で行うような大規模プロジェクトに活用できる場合があります。

対象経費の範囲

中小企業新事業進出促進補助金の最大の特徴は、建物費や電源・空調工事といった付帯工事費も補助対象となる点です。GPUサーバーを設置するためのサーバールーム新設・改修、大容量電源工事、冷却設備の導入など、インフラ整備を含めた総合的な投資計画が可能です。
　・GPUサーバー本体：機械装置費として計上可能
　・ソフトウェア：ソフトウェア費として対象
　・周辺機器・ネットワーク機器：システム一式として計上可能
　・保守・運用関連：補助事業期間内の技術支援や外注費として計上できる場合はありますが、継続的な運用費用としての保守費は原則対象外

補助金額と補助率

補助率は一律1/2で、従業員数に応じて補助上限額が変動します。
最低補助額が750万円と高めに設定されているため、一定規模以上の投資が前提となります。既存事業とは異なる新規事業（新市場・高付加価値事業）への進出であることが必須で、付加価値額・給与支給総額・最低賃金の向上といった賃上げ要件を満たす必要があります。

公式サイト: 中小企業新事業進出促進補助金

中小企業省力化投資補助金（一般型）

中小企業省力化投資補助金は、人手不足や賃上げに対応するための省力化・自動化投資を支援する補助金です。一般型では機械装置費・システム構築費・クラウドサービス利用費などが対象となり、オーダーメイド・セミオーダーメイドの省力化設備を含む投資であれば、GPUサーバーを活用したシステム（AIを用いた外観検査や不良品検出など）も対象となり得ます。

対象経費の範囲

省力化投資補助金では、人手不足解消や業務効率化に直結する設備投資が対象となります。GPUを活用したAI外観検査や、画像認識による自動仕分け、生成AIによる業務自動化など、どのような形においても業務がどれだけ減るかを示せることが重要です。

外部SIerを活用する場合は、3〜5年の事業計画期間中に保守・メンテナンス契約を締結し、必要な体制を確保しておくことが要件とされています（ただし保守費用自体は補助対象外）。また、建物本体の費用は対象外で、電源まわりも設備据付に必要な軽微な工事のみが対象となり、電源容量増強や空調設備本体の導入などのインフラ工事は原則対象外です。

公式サイト: 中小企業省力化投資補助金

IT導入補助金

IT導入補助金は、中小企業・小規模事業者等が自社の業務に合ったITツール（ソフトウェアやクラウドサービス等）を導入し、生産性向上や業務効率化を図るための補助金です。GPUサーバー本体の購入費用は原則として対象外ですが、クラウドGPUを利用したAIサービスや業務システムの利用料は、登録ITツールの一部として補助対象になり得ます。2025年度は「通常枠」「インボイス枠」「セキュリティ対策推進枠」「デジタル化基盤導入枠」など複数の申請枠が用意されており、枠ごとに目的や対象経費が細かく分かれています。

公式サイト: IT導入補助金2025

中小企業経営強化税制

中小企業経営強化税制は、「中小企業等経営強化法」に基づく経営力向上計画の認定を受けた事業者が一定の設備投資を行う場合に、税制上の優遇（即時償却または税額控除）を受けられる制度です。補助金ではなく税制優遇である点が特徴で、GPUサーバーや高速ストレージなどは「生産性向上設備（A類型）」または「収益力強化設備（B類型）」として活用できるケースがあります。

対象設備と税制優遇の内容

中小企業経営強化税制では、資産計上する設備投資のみが対象となります。GPUサーバー本体（機械装置160万円以上）、ソフトウェア（70万円以上）、周辺機器（器具備品30万円以上）などが対象で、クラウド利用料や保守費用といった運用コストは対象外です。

複数の類型があり、GPU関連で活用しやすいのはA類型（生産性向上設備）とB類型（収益力強化設備）です。税制優遇は、以下のような形で受けられます。
　・即時償却：初年度に対象資産を全額損金に算入
　・税額控除：対象設備の取得価額の7～10%を法人税額から控除（資本金規模等により異なる）

公式サイト: 中小企業経営強化税制

用途別・予算別で選ぶ最適な制度

ここまで複数の制度を紹介してきましたが、「結局どれを選べばいいのか」と迷われる方も多いでしょう。ここでは、参考例として、導入規模ごとに適した制度の考え方を提案します。

注意事項
　・以下は一般的な考え方を示す参考例です。
　・実際の適用可否は、事業内容・企業規模・申請時期により異なります。
　・具体的な申請にあたっては、必ず公式サイトで最新情報を確認し、専門家にご相談ください。

パターン1：中規模投資（1,000万円～3,000万円程度）

【想定される導入内容の例】
高性能GPUサーバー1～2台＋ストレージ＋ネットワーク機器

制度の選び方の例：ものづくり補助金＋中小企業経営強化税制

ものづくり補助金は最も汎用性が高く、申請実績も豊富です。革新的な製品・サービス開発や生産プロセス改善のストーリーを明確に示すことで採択率を高められます。ただし、電源・空調工事は原則対象外となるため注意が必要です。

補助金で賄えない自己負担分については、中小企業経営強化税制を活用することで、さらにコストを削減できる可能性があります。補助金との併用については事前に確認が必要ですが、適切に組み合わせることで実質負担額を圧縮できる場合があります。また、補助金が不採択となった場合や、審査を待たずに導入を進めたい場合は、中小企業経営強化税制を単独で活用することも可能です。要件を満たせば比較的確実に適用され、即時償却または税額控除を企業の財務状況に応じて選択できることはメリットとなるでしょう。

パターン2：大規模投資（5,000万円～億円規模）

【想定される導入内容の例】
GPUサーバー複数台＋サーバールーム整備＋電源・空調工事＋ネットワーク構築

制度の選び方の例：中小企業新事業進出促進補助金

新事業進出促進補助金は、建物費や電源・空調工事といった付帯工事費も補助対象となる点が最大の特徴です。GPUクラスタを構築し、本格的なAI事業を立ち上げる場合に適しています。ただし、「新事業進出」の要件を満たす必要があり、既存事業の延長線上と判断されると対象外となる可能性があります。
また、賃上げ等の要件を満たすことができるのか、事業計画の段階で実現可能性を慎重に検討する必要があります。

パターン3：省人化・効率化目的の投資

【想定される導入内容の例】
AI外観検査や不良品検出システム、画像認識による自動化、生成AIによる業務効率化など

制度の選び方の例：省力化投資補助金（一般型）

省力化投資補助金は補助上限額が高く、大規模投資にも対応できる制度です。ただし、1,500万円を超える部分については補助率が1/3に低下するため、投資規模に応じた補助額のシミュレーションが重要です。
省力化効果を定量的に示す必要があるため、「このシステムによってどの業務が何時間削減できるか」といった具体的な数値目標を設定することが求められます。

まとめ

本記事では、オンプレミスGPUの導入時に活用できる補助金や税制優遇制度について解説しました。補助金には多くの種類がありますが、自社の事業内容・投資目的・導入形態に適した制度を選ぶことが何より重要です。制度ごとに要件や対象経費が大きく異なるため、まずは自社の導入計画を整理し、利用可能な制度を見極めるところから始めてみてください。

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※本記事は2025年12月時点の情報に基づいています。制度に関わる情報等は予告なく変更される場合がありますので、あらかじめご了承ください。